É melhor se preparar, porque lá vem textão. Se você quer trocar pro Linux, entrar pro mundo livre e não sabe por onde começar, está no lugar certo!
Filesystem:
O que é isso? É de comer?
A má noticia é que não, mas a boa é que entendendo como funcionam as estruturas de arquivos, fica muito mais fácil entender o Linux no geral.
Você pode entender filesystem como a forma como o computador organiza e escreve/lê seus arquivos. Observem o esquema abaixo:
Isso é um estrutura de arquivos genérica, e até bem completa do Linux.
A pasta "/" é o centro de tudo, o inicio de tudo. Tudo que você precisa saber agora é: NÃO MEXA NELA!
Nela ficam os principais diretórios. Desses diretórios eu vou destacar alguns:
/bin
Aqui ficam os executáveis gerais
/dev
Não tem nada a ver com desenvolvimento. Aqui está o hardware do computador. Tome cuidado. Aqui aparece também um pen drive quando você pluga ele no computador.
/etc
Arquivos de configurações, daemons e coisas bem importantes. Geralmente os arquivos de configuração das aplicações ficam aqui em algum lugar. Um destaque para o /etc/rc.d, tem os mais variados arquivos de configuração aí dentro. Em alguns momentos você precisará mexer neles. Mas fique ligado!
/home
Tua casa. Tua pasta e a pasta de outros usuários do OS. Alguns programas tem usuarios e pastas aí, mas mexe na sua apenas que você não terá problemas.
/lib
O nome é sujestivo: bibliotecas. Geralmente elas ficam aí. Algumas ficam no /etc em algum lugar, mas isso é pra outro capitulo.
/mnt
Montagem é uma coisa complicada de explicar, mas eu já vou introduzir. No linux, quando você coloca um CD, um HD ou um pen drive, ele precisa ser montado (colocado dentro de uma pasta) em algum ponto do filesystem. Geralmente se usa essa pasta.
/root
Pasta home do usuário root. Você possivelmente usará ela para alguma coisa.
/sbin
Binários de sistema
/var
Aqui estão os logs. Acredite em mim, o Linux fala com você! As vezes é melhor ouvi-lo!
Destaque ao /var/messages.
Aqui também estão serviços cujo você pode compartilhar com o mundo. Mas isso é pra depois.
Agora vamos dar uma passada rápida nos tipos de Filesystem:
Sim, são vários.
Assim como o Windows tem o FAT e o NTFS, o Linux tem vários: ext2, ext3, xfs, reisefs, jfs e outros.
As distribuições mais comuns se adaptam bem a ext3 e é o que você mais deve ver por aí.
Agora que você já deve estar entendendo mais ou menos como funciona a estrutura dessa joça, vamos explicar como funciona um OS de maneira leve.
Você vai achar esquemas semelhantes a esse:

e esse:

Alí onde esta o Sistema Operacional, é onde a mágica acontece. Ali, o que importa pra você agora, é que se encontra o Kernel e o Shell.
Kernel é o OS, bruto. É o núcleo. É o que faz a ponte entre os aplicativos, você e o hardware.

Após saber isso, você precisa conhecer o shell, já que é com ele que você vai dialogar o tempo todo. O shell, nada mais é do que o nome já diz, é uma casca, que separa o que ta dentro do que ta fora. o Shell tem basicamente essa cara:

As vezes parece uma sopa de letras, mas você se acostuma. Em breve vou ensinar uns truques pra perder o medo do shell E PRA NÃO FAZER MERDA TAMBÉM!
Agora você precisa saber quais as distribuições você pode usar de cara sem saber nada:
Ubuntu e Fedora:

Mas por que eles? Porque são as distribuições mais famosas e que tem uma comunidade bem grande que podem lhe ajudar bastante nas dúvidas e problemas que possa vir a ter. Ambas, hoje em dia, você consegue resolver as coisas por mouse.
Gerenciador de Janelas:
Esse é o ultimo capitulo da parte 1. Nós temos uma serie de gerenciador de janelas para o Linux que variam desde ambientes gráficamente bonitos ao mais simples possivel.
Gnome:

Estando atualmente em sua terceira versão, se não estou enganada, é o gerenciador de janelas padrão do Ubuntu e do Fedora, apesar dele ter uma cara bem diferente em ambos.
KDE:

Sim, o Windows se parece com ele. E sim, a Microsoft tomou um processo na época por causa disso. O KDE já foi um gerenciador de janela mais instável, porém hoje em dia, além de bonito é uma ótima escolha. Também é bem suportado pelas distos Ubuntu e Fedora.
XFCE:

É um cara bem simples, porém não deve nada a ninguém. É uma boa escolha se você não liga tanto pra beleza e quer um PC consumindo menos memória para processamento gráfico. Ou seja, para alguns, é a melhor escolha, pois o KDE e o Gnome podem acabar deixando um computador, mais velho, lento.
Fluxbox:

Eu não aconselho começar com esse cara apesar de gostar muito dele. É simples e bem customizável. Não consome quase nada de recurso e é extremamente direto. Pode não ser muito bonito, mas faz bem o que propõe.
Dúvidas e sugestões? Aguardo nos comentários.
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